Según la acusación realizada por el agente fiscal, Von Wernich, por su carácter de Capellán de la Policía de la Provincia de Buenos Aires, ”ingresaba a los lugares de detención, demostrando confianza con los captores, y mantenía charlas a cara descubierta “...sobre distintos aspectos logrando con ello la confianza para obtener información sobre las actividades de las víctimas o de otros compañeros bajo falsas promesas de que si cooperaban con sus captores lograrían recuperar la libertad”.

Von Wernich ”se relacionó con las víctimas, incluso simulando de asistirlas espiritualmente, procurando obtener de ellas, en los momentos anteriores o posteriores a las torturas físicas a las que eran sometidas, información útil para la denominada “lucha contra la subversión”.

”Pero además, el imputado hablaba a los secuestrados acerca de la fatalidad del destino que les tocaba vivir como consecuencia de "malas conductas anteriores", con la inocultable intención de quebrantar sus voluntades.”

Además, ”está acreditado que los periódicos encuentros de Von Wernich con los detenidos permitieron establecer con ellos una relación que habría consentido transmitirles la falsa idea de aquel viaje, que concluiría en el exterior, con la consiguiente recuperación, de la libertad personal, y que en verdad, habría terminado siendo un viaje hacia la muerte.”

En esta inteligencia, el a quo dictó el procesamiento con prisión preventiva de Von Wernich, bajo los cargos de partícipe secundario de los delitos de privación ilegítima de la libertad y torturas, y partícipe necesario de homicidio calificado, todos en concurso real.

Ante esta resolución, la defensa apeló, afirmando que no se hallaba probado la participación del imputado en los delitos que le fueron atribuidos, y se agravió porque el a quo declarara la inconstitucionalidad del art. 1° de la Ley 23.942 (llamada de punto final) y de los arts. 1, 3 y 4 de la Ley 23.521 (conocida como de obediencia debida).

Los magistrados de la alzada le recordaron al recurrente que la inconstitucionalidad de las normas anteriormente citadas, resolución por la que se citó al acusado a indagatoria, se encontraba firme, toda vez que no fue objetada en su debido tiempo.

Afirmó además el tribunal que si bien la Corte Suprema de Justicia de la Nación no se expidió nunca sobre la inconstitucionalidad de dichas leyes de amnistía, sí lo hizo sobre la imprescriptibilidad de los delitos de lesa humanidad.

Señaló así: ”las razones vertidas por Jorge Bacqué en su memorable disidencia en el caso Camps (Fallos 310: 1162), las cuales se apoyan en que las leyes carecen de la generalidad requerida para su validez como tales y, en cambio, están destinadas a substituir las decisiones judiciales pertinentes por actos, ex post facto del Parlamento, con desmedro del principio de división de los poderes”

Agregó que la inconstitucionalidad de dichas normas es patente a la luz del artículo 29 CN, y de hecho, tanto la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal y la Corte Suprema de Justicia de la Nación habían declarado la invalidez de la ley de facto 22.924 (auto-amnistía) por ese mismo artículo.

Igualmente, el tribunal advirtió la dificultad existente entre el principio de legalidad y la costumbre internacional. Por un lado, los pactos internacionales han instituido a rango constitucional el principio de “ley más benigna” y lex praevia.

Al igual que en los autos “Arancibia Clavel”, se fundamentó respecto de la costumbre internacional nacida de la carta del Tribunal Militar Internacional de Nuremberg. Aun cuando no existía delito internacional tipificado previamente, se juzgó y condenó a los militares nazis por la violaciones a los derechos humanos.

El sistema de derecho internacional público se comporta de manera diferente al derecho continental de las naciones. Mientras que en los segundos la obligatoriedad se desprenden de las decisiones legislativas (sanción de leyes), el derecho internacional le otorga particular importancia a la costumbre internacional mayoritariamente aceptada.

Esta circunstancia, unida a argumentos ius naturalistas y el conjunto de derechos del ius cogens, conjuraron la convicción jurisdiccional necesaria para la confirmación de lo decidido por el magistrado de grado, con la única salvedad, que ante el pedido del fiscal general se modificó la imputación a coautoría –en vez de participación secundaria- en los homicidios calificados en los que habría estado implicado.